Generaldirektör på SGI är Johan Anderberg.
Huvudkontoret ligger i Linköping, med lokala kontor i Stockholm, Göteborg och Malmö. I Linköping finns SGI:s geotekniklaboratorium och miljölaboratorium. Totalt har myndigheten cirka 100 medarbetare.
SGI har en tjänsteperson i beredskap (TiB) till stöd för räddningstjänsten vid händelser med ras och skred.
Vid SGI finns två delegationer inrättade av regeringen för samverkan i frågor som rör ras, skred och erosion. Ordförande är SGI:s generaldirektör.
- Delegationen för ras- och skredfrågor, är ett samverkansorgan för myndigheter.
- Delegationen för Göta älv, är rådgivande för SGI:s skredsäkringsarbete längs älven. I delegationen deltar berörda kommuner och andra aktörer i området.
Verksamheten vid SGI är organiserad i fyra avdelningar och ett sekretariat: Fysisk planering och byggbarhet, Georisker och geodata, Mark- och vattenmiljö, Verksamhetsstöd samt Sekretariatet för Göta älv. Varje avdelning består av enheter som leds av en enhetsansvarig eller enhetschef. Myndigheten har även en Gd-stab.